医院污水处理的基本方法分三步：预处理、生化法处理和消毒处理。预处理主要是针对医院废水进行沉淀、格栅分离等操作，这样的操作并不能达到完全灭菌的目的,但能为后续的生化和消毒处理降低污染负荷。生化处理是通过培养活性微生物菌，再充分混和医院污水和微生物，利用微生物本身发生的生化降解等作用分解废水，生化处理可以分解医院废水中的大部分有机污染物。最后一步消毒处理是利用液氯、臭氧、次氯酸钠溶液等化学试剂，消除污水中的有害物质和病原菌，使医院污水处理符合标准排放。